แม่น้ำเจ้าพระยาหนุนสูงส่งผลให้แม่น้ำสะแกกรังที่ไหลผ่านจังหวัดอุทัยธานี ล้นตลิ่งเข้าท่วมโบราณสถานวัดอุโปสถาราม หรือวัดโบสถ์ ที่ตั้งอยู่ริมฝั่งแม่น้ำ รวมทั้งชาวแพ และบ้านเรือนริมน้ำสะแกกรัง ได้รับความเดือดร้อนหลายสิบหลัง

ประกอบกับมีการระบายน้ำจากเขื่อนวังร่มเกล้าลงสู่ท้ายเขื่อนเข้าไปยังแม่น้ำสะแกกรังในปริมาณมาก ส่งผลให้ระดับน้ำในแม่น้ำสะแกกรัง ที่ไหลผ่านตัวเมืองอุทัยธานี สูงขึ้นอย่างรวดเร็ว จนส่งผลกระทบต่อพื้นที่ลุ่มต่ำริมแม่น้ำ ชุมชนชาวแพ โดยเฉพาะโบราณสถานวัดอุโปสถาราม หรือ วัดโบสถ์ ซึ่งขณะนี้ยังไม่มีการป้องกัน หรือ วางกระสอบทรายเป็นพนังกั้นน้ำป้องกันไว้แต่อย่างใด คาดว่าระดับน้ำจะเพิ่มสูงขึ้นเรื่อยๆ

พระครูอุเทศธรรมโฆษิต เจ้าอาวาสวัดอุโปสถาราม กล่าวว่าขณะนี้แม่น้ำล้นเข้าท่วมมณฑปแปดเหลี่ยม ศิลปะผสมไทยจีนโบราณซึ่งสร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 5 ซึ่งอยู่ระหว่างการบูรณปฏิสังขรของกรมศิลปากร ทำให้การบูรณะต้องหยุดชะงักเป็นการชั่วคราว เจ้าอาวาส บอกว่าน้ำเคยท่วมในช่วงฤดูน้ำหลากเดือนกันยายน ทำให้น้ำท่วมครั้งนี้ไม่ได้มีการเตรียมการป้องกัน ซึ่งทางวัดเคยถูกน้ำท่วมหนักทำให้โบราณสถานทั้งหมดได้รับความเสียหาย เมื่อครั้งเกิดอุทกภัยใหญ่สุดเมื่อปี 54 จากนั้นไม่เคยเกิดขึ้นอีกเลย จนมาถึงปีจึงหวั่นว่าน้ำจะท่วมหนักอีกรอบ 

นอกจากนี้ ระดับน้ำที่สูงขึ้นยังส่งผลกระทบต่อประชาชนที่อาศัยในเรือนแพริมฝั่งแม่น้ำสะแกกรัง ที่มีอาชีพเลี้ยงปลาในกระชังเป็นส่วนใหญ่ ต้องชักลากเรือนแพ และกระชังปลาเข้าฝั่งให้มากที่สุด และ ต้องผูกยึดเรือนแพให้มั่นคงแข็งแรงป้องกันกระแสน้ำพัดหลุดได้รับความเสียหาย ส่วนประชาชนที่มีบ้านเรือนอยู่ในที่ลุ่มต่ำใกล้ริมแม่น้ำสะแกกรัง ถูกน้ำท่วมสูงไปหลายสิบหลังคาเรือน ต้องเดินลุยน้ำเข้า-ออกบ้านอย่างยากลำบาก บ้านเรือนบางหลังทำสะพานทุ่นไม้ไผ่ลอยน้ำเพื่อเดินเข้าออกเป็นการชั่วคราวบรรเทาความเดือดร้อนไปก่อน